学院对中心实行统一领导、分级管理的体制，中心工作的归口管理机构是教务处和设备与国有资产管理处，作为基础教学实验中心的主管机构，对其每年的常规实验费、设备费以及其他专项经费实行单列，以确保实验经费落实到位；中心在保证全院基础课实验教学工作的同时，积极对外开放。中心实行主任负责制，主任由学院任免。示范中心主任人选要求是教授或正高级职称，同时兼任实验课程负责人（负责实验课程建设与改革、课程管理、教学安排等），全面负责实验中心的建设、教学、研究和管理等工作。
    1.中心的运行机制为主任负责制，主任负责中心的全面管理工作。 
    2.中心副主任为中心主任分管相关工作和对应的分中心的管理，对中心主任负责。
    3.机械基础教学实验教学与工程训练示范中心下设三个分中心：机械基础实验教学中心、 机电基础实验教学中心、工程训练中心。各分中心根据具体情况，设置实验分室或班组。
    4.实验室设实验教学管理员，负责日常具体工作、教学事务和实验教学的受理和安排。教学办公室或实验教学管理员的工作对中心主任和副主任负责。实行实验分室或班组主管负责制，实验室服从教学办公室或实验教学管理员对实验教学统一工作安排。实验分室和班组主管的工作对中心主任和副主任负责
    5.各分室、班组必须按要求完成分中心分配的教学、科研、对外加工和对外培训等工作。如果某些事务需要其它班组协作的，班组主管之间可以通过协商予以解决，并报中心办公室或实验教学管理员处备案。
    6.中心的组织原则：下级服从上级，少数服从多数的民主集中制。按分室或班组、分中心、中心和学院或学校设备处实验室管理部门运作。各类基本问题在本班组内解决。较大的问题可以与中心商量解决，或由分管的分中心副主任、主任解决。中心的基建、人员等重大问题有学院或学校设备处实验室管理部门负责统筹考虑、解决。
    7.中心的资源有学校统一调配，实验室设备由中心向学校申报，由学校根据实际情况招标购买。
    8.中心对全校学生开放。对兄弟院校或社会开放的教学实验和工程训练须经学院或学校有关部门批准后方可实施。